以下のバージョンで発生しました。

• “vue”: “2.6.11”
• “jest”: “25.1.0”
• “vue-jest”: “3.0.5”

どうやらjest バージョン25とvue-jestを組み合わせると問題が出るようです。
Vue SFCs not included in coverage reports

少し調べただけではjestとvue-jestどちらの問題なのかは不明でしたが、vue-jestを利用しているプロジェクトでは、jestをバージョン24に戻しているところがいくつかあるようです。
自分の環境でもバージョン24に戻すことで解消することをしました。

• “vue”: “2.6.11” // 変更なし
• “jest”: “24.9.0”
• “vue-jest”: “3.0.5” // 変更なし